สถาบันวิจัยทรัพยากรทางน้ำมีนโยบายในการประสานงานวิจัยกับหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ทั้งภายใน และภายนอกมหาวิทยาลัย เพื่อขยายผลจากการวิจัยไปสู่การปฏิบัติในด้านการใช้ การจัดการและการเพิ่มผลผลิต ทรัพยากรทางน้ำ สถาบันมีนโยบายเพิ่มขีดความสามารถในการวิจัยและการเรียนการสอน ให้แก่ คณาจารย์และ นักวิจัยสาขาต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับทรัพยากรทางน้ำ ให้บริการด้านการสอนการฝึกอบรมแก่นิสิต ในระดับปริญญาตรีและบัณฑิตศึกษา ในสาขาวิชาที่เกี่ยวข้องกับสถาบัน ทิศทางการวิจัย ของสถาบันวิจัยทรัพยากรทางน้ำมุ่งเน้นความสมดุลระหว่างงานวิจัยพื้นฐานและงานวิจัยประยุกต์ ในด้านการจัดการทรัพยากรทางน้ำทั้งในแง่ของการใช้ประโยชน์และการอนุรักษ์ให้เกิดประโยชน์สูงสุดและ มีความยั่งยืน การขยายผลจากงานวิจัยเหล่านี้เพื่อใช้เป็นรากฐานให้ประเทศไทยพัฒนาไปสู่สังคมของ ผู้สร้างเทคโนโลยีไว้ใช้เองทางด้านทรัพยากรทางน้ำ